APOBEC偶联甲基化测序（ACE-Seq）
项目介绍
随着羟甲基化修饰在疾病发展中的调控作用以及在基因组 DNA 中的定量定位等信息逐渐被重视，多种DNA 羟甲基化修饰检测方法也相继问世。基于亚硫酸氢盐的方法如 OxBS-seq、TAB-seq，能够在单碱基分辨率上检测 5hmC，为科学和疾病研究提供了较全面和精确的定量信息，但 OxBS-seq 还需同时构建 BS-seq文库，这种联合测序方式虽能实现对 5hmC 单碱基分辨率，但该方法除了极大的样本需求量之外，因其所得的羟甲基化位点并非直接检测所得，而是生物信息计算的结果，对实验操作人员以及数据分析人员的专业素质要求极高，否则极容易出现偏差，导致数据结果可信度降低。
技术支持
电 话：
021-57072057
021-57072096
021-57072096
E-mail:
genome@sangon.com
genome2@sangon.com
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相比之下，使用糖基化修饰和 A3A 结合的转化测序方法（ACE-seq），能够在单碱基精确度的基础上，有效保证 DNA 的完整性。
该技术是一种全新的鉴定 5hmC 的方法。DNA 脱氨酶 APOBEC3A（A3A）能够特异地脱去 C 及 5mC 的氨基使其变为 U，而 5hmC 则因为不被该酶识别，测序时仍被识别为 C。该技术利用该酶的这种特性，特异性地检测基因组上发生的 5hmC 修饰。
主要流程
订购信息
测序数据量：建议物种基因组的30X
测序平台：illumina
周期：30个自然日
测序平台：illumina
周期：30个自然日
对物种有以下要求：
a. 物种为真核生物；
b. 物种具有参考基因组，至少拼接到scaffold水平；
c. 具有较为完整的注释。
a. 物种为真核生物；
b. 物种具有参考基因组，至少拼接到scaffold水平；
c. 具有较为完整的注释。
样品需求
1、细胞：5×106 以上，收集细胞，PBS 洗两次，离心后尽量去除 PBS，保留细胞沉淀，封口膜封好，干冰运输。
2、组织：100 mg以上，样品置于1.5 ml EP 管中，封口膜封好，-20℃以下保存，干冰运输。
3、gDNA：500 μg以上，浓度大于30 ng/μl（以Qubit定量结果为准），OD260/280 =1.8-2.0。
2、组织：100 mg以上，样品置于1.5 ml EP 管中，封口膜封好，-20℃以下保存，干冰运输。
3、gDNA：500 μg以上，浓度大于30 ng/μl（以Qubit定量结果为准），OD260/280 =1.8-2.0。
交付
测序原始数据
实验结果类文件
分析报告及分析结果文件
实验结果类文件
分析报告及分析结果文件
分析结果示例
样品需求
分析内容
1) 单样本不同类型甲基化 C 位点的统计饼图
不同颜色表示不同的甲基化 C 位点类型，饼面积表示该类型所占百分比。
2) 单条染色体上甲基化C密度分布图
横轴表示某条染色体，从左往右为染色体起点到终点。左边纵轴表示10 kb为窗口计算得到的 mC 密度，以蓝点表示 mC 密度在染色体上的分布情况，右边纵轴表示标准化的 mC 比例，光滑 曲线则表示不同类型甲基化 C 碱基（CG、CHG和CHH)的密度分布。
3) DMR 统计柱状图
横轴为不同的比较组，纵轴为不同类型的 DMR 数目。
4) 显著富集功能散点图
纵轴表示功能注释信息，横轴表示功能对应的 Rich factor，Qvalue 的大小用点的颜色来表示，Qvalue 越小则颜色越接近红色，每个功能下包含的 DMR 关联基因的多少用点的大小来表示。
